争议
出生时间
关于司马迁的生年，他本人在《史记·太史公自序》中没有记述，班固《汉书·司马迁传》亦缺乏记载。后世研究者一说司马迁生于公元前145年（景帝中元五年），一说生于公元前135年（武帝建元六年），相差十岁。
公元前145年取自《太史公自序》的《正义》，唐代张守节注。《正义》注称：“太初元年，迁年四十二岁。”公元前104年（太初元年）往上推41年，则是公元前145年（景帝中元五年）。王国维、梁启超等主此说。公元前135年取自《太史公自序》的《索隐》，依据晋代张华《博物志》称“大夫司马迁，二十八岁古六月乙岁卯，石也”。也就是说，公元前108年（汉武帝元封三年），司马迁升为太史令，年28岁，由此上推27年，即公元前135年（武帝建元六年）应为司马迁生年。郭沫若等主此说。一般采用前说。
建元六年说
持“建元六年说”者，千方百计证明《博物志》是对的，而认为张守节的《正义》是错的。理由主要有以下几点：其一，《博物志》该条所录的是汉代记籍簿，它记载着司马迁的姓名、年龄、居住地、官爵、拜官年月和俸禄等等。如此详细而真切，是录自汉代文书，其真实无疑。这是一种原始材料，其价值远超过一般史书。其二，司马迁《报任安书》中有一句话：“今仆不幸早失二亲。”如按《正义》所言司马迁生于公元前145年（景帝中元五年），公元前110年（元封元年）其父司马谈死时，司马迁应是36岁。按常理说，36岁死去父母说不上“早失二亲”。如按《博物志》所言，司马迁生于公元前135年（武帝建元六年），即26岁父死，说早失二亲尚说得过去。其三，司马迁《报任安书》作于公元前91年（征和二年），如果他生于公元前145年（景帝中元五年），这一年应是55岁，他做郎中是在20岁左右遨游各地回来后的事，那么，他应该说待罪辇毂下30余年了。司马迁不会连自己做过的事都记不清。只有晚生10年，即公元前135年（武帝建元六年），才符合其说。
景帝中元五年说
持“景帝中元五年说”者除依据张守节的《正义》外，还提出以下几个问题或论据。其一，王国维在《太史公行年考》中认为后人引用《博物志》所以年“二十八”应是年“三十八”之误。《正义》注称“太初元年”，司马迁“年四十二”是正确的。其二，根据《史记·游侠列传》所载公元前127年（武帝元朔二年），下令将各地豪强和资财三百万缗以上的富户迁往茂陵，郭解财产不多，也被强行迁徙，司马迁也见到郭解，他说：“吾观郭解状貌不及中人，言语不足采者。”若司马迁生于公元前135年（建元六年），当时年仅9岁，决不可能对人有如此深刻的观察和心理活动。如果按司马迁生于公元前145年（景帝中元五年），年龄为19岁，似更合适。其三，根据《汉书·儒林传》，司马迁曾向孔安国学习古文，然据《史记·孔子世家》和《资治通鉴》，孔安国在公元前127年（武帝元朔二年）为博士，当年司马迁年方9岁，一个9岁的孩子是不可能去太学向一个经学大师求教和商量问题的；如果生于公元前145年（景帝中元五年），此年19岁，似较合理。司马迁生平经历的争议很多，出生年代是争论最多的。
西南夷记
司马迁与西南夷：蜀地以南的西南夷地区包括今天的四川西部、贵州、云南等地区，这里在秦朝时设立郡县，司马错攻占的黔中郡就是今天的贵州地区。汉朝建立后，西南夷地区自立，其中黔中是夜郎国，在云南西部有滇国，滇国北部是邛都国，东部是昆明等地。汉朝建立近七十年，与西南夷没有建立联系，《史记》的太史公自序记载派司马迁出征西南夷，攻占昆明、邛、笮等地应该是汉与西南夷最早的交往。西南夷传也记载直到建元六年时才与夜郎国通使，攻占昆明的时间应该是在此之前，以后的记载中没有关于攻占昆明的记载，而元狩元年开始派使臣通身毒（印度）时被滇国阻挡，使臣都滞留昆明，可见当时司马迁攻占的昆明是汉朝的边境。前135年唐蒙出使夜郎，留下了著名的夜郎自大的典故，滇国也对汉使提出过同样的问题，这是两国长期与汉朝没有交往、封闭的原因。司马迁攻打昆明和邛的时间应该是在建元元年以前，因为他从西南回到中原时他的父亲被封为太史公参与封禅准备，在洛阳病重，临终让他从事历史写作。建元元年进行建明堂、封禅、改服色活动的失败，固然有窦太后反对儒术，也和太史公司马谈在洛阳病逝有重要关系。司马迁此后就再也没去西南地区，在唐蒙使夜郎后，汉武帝让他修建通夜郎的道路，耗费大，蜀人都反对，汉武帝派司马相如前往安抚蜀地。司马相如回报后，汉武帝询问他对西南夷内附的政策，司马相如建议招抚，因此被派往蜀地出使，担任中郎将，率领副使王然于、壶冲国、吕越人等前往招抚西南夷，司马相如这次招抚、开拓不费兵卒就取得重要成功，西南夷传记载总共设立了十余县，当时一郡也就数县，司马相如开拓的地区被设立都尉治理。由于班固对《史记》的删改，造成了后世误解历史，就像班固把司马迁的封禅书照搬到《汉书》中，只是把“太史公”窜改为“太史令司马谈”那样，其实司马谈没参加元封元年的封泰山，是司马迁参加了元封元年的封禅。司马谈在建元去世，他在对司马迁的遗嘱中也说了自己没能参加封禅是命运，怎么可能像班固写的参加元封元年的封禅。在司马迁平定昆明、邛回中原后，直到平定南越，汉朝才对西南夷用兵。派八校尉攻打，灭亡了头兰，设立牂牁郡，迫使夜郎朝见，元封二年派兵攻滇国，最终使滇国臣服，但是没有直接攻占夜郎和滇国，只是设郡封两国为王，也没能打通去身毒的道路。
出生地点
《太史公自序》云：“迁生龙门，耕牧河山之阳。”此龙门在何处，历来有两种不同的观点，一说在今陕西韩城市，一说在今山西河津县。
最早持“陕西韩城说”者是唐代的张守节，他在《史记》“正义”中说：龙门山在夏阳县（今韩城）。同时，韩城市嵬东乡徐村住有冯、同二姓，均自认为是太史公后裔。他们自称，原本为司马姓氏，因为司马迁受宫刑，后人为避祸，改了姓氏：在司马的“司”字左边加一竖，成为“同”字；在“马”字左边加两点，成为“冯”字，并列陕西韩城芝川镇司马迁庙为佐证。
韩城民间传说：司马迁因为李陵事件获罪后，其族人多改姓避祸。或将“司”加一撇改姓“同”；或将“马”加两点改姓“冯”。所以，芝川镇西塬上徐村同姓、冯姓的人，都是他的同族后裔。
持“山西河津说”者认为，自古以来，龙门（包括龙门山、禹门口）都记载在山西河津县。黄河自西北而东南出禹门口，急转弯由北而南流去，正是司马迁所说的“耕牧河山之阳”的地方。据悉此处曾有“汉太史司马故里”碑，只可惜此碑兴修水利时被毁之。而且那里仍有司马姓氏的居民。 司马迁的故里陕西韩城有两座司马迁祠，一处名“汉太史司马迁祠”，另一处名“汉太史遗祠”。两祠相隔3.5公里，均坐落在韩城历史名镇芝川镇附近。素有“文史之乡”美誉的韩城徐村，居住着许多姓同或姓冯的大家。两千年来他们遵奉“冯同一家”，“冯同不分”，“冯同不婚” 的遗训。每逢清明时节，他们便怀着虔诚敬佩之情，成群结队地来到“汉太史遗祠”，为司马迁祭祀扫墓。据说他们都是司马迁的后人。其中缘故，得从“李陵事件”说起。
司马迁因“李陵事件”惨受宫刑。为了完成先父的遗愿，为后人留下一部信史，他忍辱负重，在困厄潦倒之中发愤著书，终于完成了不朽的史学巨著《史记》。因《史记》对史实据实实录，在称赞汉武帝功德的同时，也斥责了汉武帝“内多欲而外施仁义”，据说武帝取《孝景本纪》和《今上本纪》阅看，多见讥刺之语，“怒而削之”。后来宣帝时的博士褚少孙补注《史记》，取《封禅书》的内容补《今上本纪》(见陈寿《三国志·魏书·王肃传》）。东汉卫宏《汉旧仪》注：“司马迁作《景帝本纪》，极言其短及武帝过，武帝怒而削去之。“
司马迁有一位叫任安的好友，因“戾太子事件”被斩。狱吏在搜查其遗物时发现了一封司马迁写给任安的书信——《报任安书》。信中告诉任安，他之所以在蒙受奇耻大辱之后还顽强地活下来，就是为了完成《史记》的著述。汉武帝见信后大怒，加上一伙对司马迁极为不满的宠臣的谗言，司马迁遭受迫害，不久死去。
据传说，悲痛中的司马迁夫人（妻子柳倩娘、侍姬随清娱）为了保住《史记》副稿，免遭满门抄斩之祸，便让两个儿子司马临（字与仲）、司马观（字何求）身藏《史记》副稿，逃回故乡韩城。司马迁族人怕株连九族，连夜由族长司马厚召集主事人共同商议，决定改姓和迁居。长门在“马”字旁加两点，改姓“冯”；次门在“司”字旁加一竖，改姓“同”。逃往荒无人烟的巍山老牛坡下，定村名为“续村”，表示“高门之续”；后又担心被官家识破，取同音字为“徐村”。“徐”、“续”同音，又有“余村双人”（或说仅余二人）寓意，暗指司马迁有两子，即长子司马临，次子司马观，以表明司马氏家族后继有人。司马迁父子都是西汉太史官，后裔逃匿“徐村”后，为祭祀祖宗司马迁，合族兴建了“汉太史遗祠”。如今，“汉太史遗祠”依然完好地保存在千年古村徐村之中。
从此，司马迁的后代便分别姓“冯”和“同”了。如今，每逢清明节，前往司马迁坟前拜祭的人群中，有不少便是姓“同”和姓“冯”的。据说，他们都是司马迁的后人。
